清兵佔領西域後，準噶爾下屬部落頭領時叛時降，使清軍損兵折將。乾隆皇帝因此認為其“豺狼成性”[3]，下令將叛亂部落盡行“剿滅”，“永絕根株”。實際上被下令屠杀的只是參與叛亂的部落，如噶勒藏多爾濟、巴雅爾、阿巴噶斯、哈丹、沙喇斯等部，以及淪為小股強盜山賊的“瑪哈沁”（原意為「吃肉的人」，這裡指匪徒，在紀昀《閱微草堂筆記》中有描述）。但清軍在“清剿”中，有誤殺、濫殺無辜。由於清軍中多喀爾喀蒙古人，對入侵喀尔喀的準噶爾人恨之入骨，剿殺不遺餘力[來源請求]。還有已經歸附清朝的部落，如沙克都爾曼濟，因被大清大臣雅爾哈善懷疑叛亂，亦被清軍殺害。清代史學家趙翼這樣記述：“時厄魯特懾我兵威，雖一部有數十百戶，莫敢抗者，呼其壯丁出，以次斬戮，寂無一聲，駢首就死。婦孺悉驅入內地賞軍，多死於途，於是厄魯特種類盡矣”[4]。沒有反叛的部落被編旗，有的還被派到回部作戰，但這些人都是在清朝滅亡準噶爾之前就歸附的部族。今只有伊犁州昭苏县、塔城地區和蒙古國西部仍有準噶爾殘部的末裔。
以俄國歷史學家兹拉特金《准噶尔汗国史》、台灣作家柏楊《中國人史綱》[5]為代表的一些著作及文章認為，乾隆皇帝在消滅阿睦爾撒納後，命令兆惠對準噶爾部落進行了大屠殺，造成準噶爾部落的種族滅絕。兹拉特金的记述為：“所有史料一致指出，大批卫拉特居民被屠杀，这是清军司令部有计划进行的。……切列潘诺夫编年史肯定：在准噶尔‘人、畜全部被杀绝无遗，连俘虏也不放过，只有那些能够逃入俄罗斯边境的人才得了救。’”[6]這種說法可以上溯至清代魏源的《聖武記》[7]：
「王師初入，兵不血刃，矢不再發，而天不許也。王師再入，師則屢次，壘則再因，而天又不許也。幾大幸，又幾大不幸，一激再激，以致我朝之赫怒，帝怒於上，將帥怒於下，合圍掩群，頓天網而大獮之，窮奇渾沌檮杌饕餮之群，天無所訴，地無所容，自作自受，必使無遺育逸種於故地而後已。計數十萬戶中，先痘死者十之四，繼竄入俄羅斯、哈薩克者十之二，卒殲於大兵者十之三，除婦孺充賞外，至今惟來降受屯之厄魯特若干戶，編設佐領昂吉，此外數千里間無瓦剌一氈帳。」
乾隆二十年（1755年）在清準戰爭之前歸附清朝的準噶爾、輝特部落大多被編入八旗。這些提前率眾來降者被分散並編入於十八省和熱河等地的駐防清軍。另有餘部份準噶爾部民被編入八旗察哈爾（或遷徙到漠北等地），被轉化為清軍的戰爭工具。
清军灭亡准噶尔之前归顺的各旗：
額魯特旗、額魯特貝子旗（前/后旗），附牧於喀爾喀土謝圖汗部，後改屬賽音諾顏部。
輝特下前旗、輝特下後旗，附牧於杜爾伯特部 (綽羅斯氏)。
阿睦爾撒納之亂以後準噶爾部人口因清軍的種族屠殺而大量滅絕。清朝將其殘部改準噶爾之名為整個漠西蒙古的部落名額魯特，就地安置，駐紮在新疆伊犁、塔爾巴哈臺以及科布多的額魯特雖然在清準戰爭之後才編設佐領，但他們大多數在此之前已經歸順清朝：
輝特旗，附牧於札薩克圖汗部（雍正年叛逃准噶尔，乾隆年重新归降）
八旗所屬伊犁額魯特營[8]，伊犁将军直属
正黃旗、鑲黃旗、正白旗、鑲白旗、正藍旗、鑲藍旗、正紅旗、鑲紅旗
塔爾巴哈臺額魯特十蘇木（佐領）[9]，塔尔巴哈台参赞大臣直属
左翼：达什达瓦部众歸上三旗，位於今昭蘇縣境內
右翼：其餘流散部眾歸下五旗，位於今尼勒克县、特克斯县及新源县境内
科布多額魯特總管旗，科布多参赞大臣直属
一些準噶爾人的殘餘前往阿富汗，巴達赫尚，布哈拉，被當地統治者接受服兵役，隨後他們的後代皈依伊斯蘭教被吸納入當地突厥民族中。